En enero de 1814, los ejércitos de Napoleón se batían en retirada al ser invadida Francia por fuerzas contrarias a él. Napoleón envió dos mil prisioneros de guerra austriacos a Aix. Hubo un brote de tifus y murieron los doctores y el capellán. Eugenio empezó a ser consciente del abandono de estos prisioneros, quienes estaban muriendo sin la ayuda sacramental de la Iglesia, y ofreció sus servicios a la administración diocesana para dedicarse a ellos. Él también fue contagiado con la enfermedad. Tuvo que empezar a guardar cama el 10 de Marzo, recibiendo la extremaunción el 14 del mismo mes. Poco después comenzó a tener delirios. Él describe este evento en una carta a su padre que estaba en Palermo:
Aquí me he restablecido por entero de una enfermedad que me había llevado a las puertas de la tumba; no me he recobrado de ella más que gracias a las innumerables y muy fervorosas oraciones que de todos los rincones de la ciudad se han elevado a Dios por mí. Es prodigioso el interés que se me ha demostrado; me confunde y humilla cada vez que me acuerdo, y nunca podré corresponder a él a no ser con la más completa dedicación a la salvación y a la edificación de todos mis queridos compatriotas.
Su solicitud por mí era tanto más generosa cuanto que yo no estaba al servicio de ellos cuando contraje el mal que me hubiera llevado infaliblemente sin el efecto inesperado de las oraciones que, si no eran públicas, aunque lo eran en cierta medida, eran generales.
Fue en los cuarteles donde estaban amontonados 2000 prisioneros austríacos, donde contraje la que llaman enfermedad de las cárceles. El día de san José por la mañana estaba en las últimas y, como si mi santo patrono hubiera querido expresarme el efecto de su poderosa protección, que invocaban por todas partes, aquella misma tarde empecé a mejorar con sorprendente rapidez. Al día siguiente o al otro día estaba ya fuera de peligro.
Quedé, sin embargo, privado de la alegría de decir la santa misa hasta el 20 de abril en que reanudé el cumplimiento de ese consolador ministerio en casa. Ahora he vuelto a tomar todos mis otros servicios de celo, y me encuentro tan bien y hasta mejor que antes de la enfermedad…
Carta a Charles Antoine de Mazenod, el 17 de junio 1814, E.O. XV n. 126