Jourdan nunca se recuperó de la angustia mental que por la que tanto sufrió y murió el 20 de abril de 1823, pocos meses después de su oblación. De este modo, fue el primer oblato de la Sociedad en morir.
“El padre Courtès, que fue su superior durante su tiempo en Aix, escribió estas líneas, las únicas que encontramos sobre las circunstancias entorno a su muerte: “La personalidad [del padre Jourdan] era dulce, tímida y tendía hacia la escrupulosidad.” El Padre de Mazenod le había escrito varias cartas desde París “para dar consuelo a una conciencia totalmente desorientada”. Todo buen consejo que le dio fue en vano. La enfermedad estaba progresando de un modo alarmante. La persona que durante ese tiempo estuvo a cargo de la casa de Aix, demasiado inexperto para diferenciar entre una cuestión de moralidad que encontraba su origen en la mera escrupulosidad y aquella que pudiera surgir de una aberración mental, nunca pensó en adoptar medidas extremas hasta que fue demasiado tarde. Bourrelier estuvo al lado de la cama noche y día. “Un momento de falta de atención por parte del que lo custodiaba tuvo consecuencias lamentables. Finalmente, el desdichado enfermo, habiendo agotado su fuerza moral y física, murió un domingo. El Padre Jourdan tenía los elementos para encajar en una vida comunitaria. Dulce y humilde, edificaría, durante un largo tiempo, la Sociedad por su regularidad y su obediencia, si su escrupulosidad, demasiado subestimada, no hubiera dañado su cerebro ni destruido una vida todavía muy joven…” Citado por Yvon Beaudoin en “Jourdan, Jacques Antoine” en el Diccionario Histórico Oblato, Volumen 1.
Eugenio escribió a todos los Oblatos para tranquilizarlos:
Qué te diré, mi querido hijo, sobre la desgracia que nos ha consternado. Estoy pasmado Y apenas puedo creerlo, pero no comparto tus temores sobre la salvación de su alma. He acabado ayer con la mayor confianza las cinco misas que nuestras Reglas prescriben y como lo habían hecho también los demás Padres, espero que Dios lo habrá librado del purgatorio y que goza a estas horas de la gloria del cielo.
Era un alma hermosa. ¿Quién sabe?, tal vez ese pobre hermano no había nunca pecado mortalmente. ¡Oh! lo repito, tengo la mayor confianza de que está salvado.
Carta al Padre Sumien, 2 Mayo 1823, EO VI n 103
Tres años después, reflexionando sobre este suceso, Eugenio escribió a Henri Tempier:
Nosotros podríamos contar con nuestro pobre Jourdan, que era bien santo, cuyo género de muerte no podría imputarse a su voluntad.
Carta a Henri Tempier, 24 Mayo 1826, EO VII n 242
“La fe saca el veneno de cada dolor, toma el escozor de cada derrota y calma el fuego de cada dolor; y sólo la fe puede hacerlo.” Josiah Gilbert Holland