Un evento sumamente dramático que tenía lugar durante cada misión era la procesión penitencial, centrada directa y tangiblemente sobre los efectos de la Cruz de Cristo Salvador como la que quita la carga del pecado. En el Diario de a Mision de Marignane, Eugenio muestra como toda innovación misionera necesita reflexión y discernimiento de parte de los misioneros, además de la importancia de preparar a la gente para que pueda entenderla y sea receptiva:
A las 2 se comenzaron las vísperas. Después de vísperas, el sermón sobre la dilación de la conversión.
Tras el sermón, subió al púlpito el Superior para dar los avisos sobre la procesión de penitencia que se iba a hacer. Estos avisos, que se han dado igualmente en las otras misiones que hemos hecho, eran hoy tanto más necesarios porque había que prevenir a los fieles sobre un espectáculo extraordinario que iba a impresionarlos.
Solo tras muy maduras reflexiones, después de haber consultado con Dios y sopesado las ventajas y los inconvenientes del paso que se iba a dar, nos decidimos, y el resultado feliz que se obtuvo ha probado que la inspiración que tuvimos de intentarlo venía de Dios, como habíamos creído reconocer de antemano.
Diario de la misión de Marignane, el 24 de noviembre 1816, E.O. XVI