El confesionario era el lugar privilegiado de encuentro y reconciliación entre el penitente y Jesús, el Salvador. De este modo, no sorprende que los misioneros dedicaran cada momento disponible, durante las misiones en los pueblos, para este ministerio. El modelo quedó establecido en su primera misión juntos en Grans:
En cuanto a nosotros, no terminaríamos con las confesiones; las tenemos “en todas las salsas”; son nuestra oración, nuestra preparación, nuestra acción de gracias, y nuestro todo, de día y de noche.
Carta a Henri Tempier, el 11 de marzo 1816, E.O. VI n. 11
Las narraciones abundan: por ejemplo, durante la misión de Eyguieres,
Por lo tanto tenemos que hacer por encima de nuestras fuerzas, estamos en la confesión hasta las 12 menos cuarto de la noche, y a esa hora tan avanzada en la que tenemos que subir a cenar, estamos obligados a rechazar gente.
Carta a la comunidad de Aix, el 7 de marzo 1819, E.O. VI n. 41
Desde Barjols escribe:
Ya estamos en el confesionario sin movernos de la mañana a la tarde.
Carta a Henri Tempier, el 14 de noviembre 1818, E.O. VI n. 34
Después de la misión de Barjols, Eugenio habla de los resultados positivos de sus esfuerzos:
El Señor Párroco de Barjols me dice que desde hace 18 años sólo diez hombres le asistían a misa…, que durante la misión se han hecho unas 3.000 confesiones generales y que los que habían cumplido con la misión antes de Navidad se han acercado de nuevo a la santa Mesa el día de año nuevo para probar que tenían el firme propósito de cumplir con Pascua
Carta a M. Arbaud, el 12 de enero 1819, E.O. XIII n. 22