Puesto que Eugenio era un talentoso maestro y predicador con una afinidad natural con los jóvenes, su Congregación de la Juventud floreció convirtiéndose en un lugar piadoso y de buen ejemplo en la ciudad. Algunos de los párrocos estaban descontentos, pues sus jóvenes preferían ir a la casa de los Misioneros. La catequesis que recibían y la preparación para los sacramentos opacaban por mucho a lo ofrecido en las parroquias.
Eugenio trataba de hacer todo lo posible para tener buenas relaciones con los pastores locales. Los jóvenes asistían a misa en grupo los domingos y además a misa solemne en sus parroquias respectivas. Cuando se trataba de recibir los sacramentos de Primera Comunión y Confirmación, trataba por todos los medios que los jóvenes los recibieran en forma grupal en la capilla utilizada por la Congregación de la Juventud. Además de la catequesis continua, tenían un retiro de tres días en preparación al día de la Comunión. Ese día intentaba tener la celebración en su capilla para mantener un ambiente de oración y respeto – que a menudo faltaba en la parroquia.
Los ejercicios se realizaron según el uso; se rezó especialmente por los congregantes que hicieron este día la primera comunión. El Director los había preparado a ese gran acto con tres días de retiro.
Diario de la Congregación de la Juventud, el 5 de junio 1814, E.O. XVI
Siempre tratando de mantener el agrado de los pastores, enviaba a sus jóvenes a la preparación de la parroquia, aunque complementaba las actividades con las propias:
La insuficiencia de los retiros para la primera comunión que se hacen en las parroquias y los frutos abundantes que se obtuvieron el año pasado en los ejercicios especiales que dio para los congregantes el Sr. Director en sus apartamentos, determinaron al Sr. Director a hacer otro tanto este año. Solo los congregantes que están a punto de hacer la primera comunión son admitidos a este retiro. Comienzan el miércoles por la tarde tras la apertura que se hace en las parroquias. El día siguiente y los días después los congregantes en retiro van a almorzar a casa del Director después de la instrucción de la parroquia. Se comienza a las 9 de la mañana y no se termina hasta mediodía. Se empieza de nuevo a las 2 para terminar a las 5,30 que es la hora de la instrucción de la parroquia. A las 7 nos permitimos juntos un pequeño paseo a un lugar apartado y solitario.
El viernes, tras la bendición de la parroquia, los congregantes en retiro van con el Director a la iglesia de san Salvador para ponerse bajo la protección de la Santísima Virgen . El Sr. Director hace en voz alta un acto de consagración que cada uno ratifica interiormente.
Este es el segundo año que este ejercicio produce un efecto muy bueno en estas almas ya preparadas por dos días de recogimiento y por gracias muy abundantes que el Señor no deja de repartir durante este retiro. El domingo de la Trinidad las primeras comuniones no impidieron que se tuviera la Misa y una breve instrucción en Congregación. Por la tarde los congregantes que han tenido la dicha de hacer la primera comunión por la mañana fueron a sus parroquias para asistir a las Vísperas y a los otros ejercicios que se hacen ese día. Al atardecer van a pasear al Enclos del Sr. Director por separado, los otros congregantes han ido a recrearse a otra parte. Al día siguiente fueron a hacer las visitas de costumbre en grupo.
Diario de la Congregación de la Juventud, el 27 de abril 1815, E.O. XVII