L’impegno di Eugenio verso gli altri aveva indebolito la sua salute:
Lo stato in cui sono piombato è fuori dell’ordinario ed esige un rimedio immediato; sento un’apatia completa per tutto ciò che mi riguarda direttamente, parrebbe che quando passo dal servizio degli altri a considerare le cose mie, non abbia più forze, trovandomi del tutto esaurito, rinsecchito, incapace perfino di pensare.
Note di ritiro, maggio 1818, E.O. XIV n. 145
 In realtà lo stato di salute di Eugenio aveva destato più preoccupazione in chi gli stava intorno che in lui stesso. In risposta all’ansia mostrata da sua madre per il troppo lavoro a cui si dedicava, ecco risponderle con un tocco di humor:
È necessario toglierle dalla testa che voglia uccidermi.
Risoluzioni di ritiro, maggio 1818, E.O. XIV n. 146
 Nella prima metà del 1818 Eugenio è stanco e sull’orlo della malattia. Suo zio, Padre Fortuné de Mazenod, che viveva con lui, annota a tale proposito in alcune lettere inviate a Marsiglia al padre di Eugenio:
Eugenio, nonostante il peso enorme delle sue occupazioni, non sta male. In questo momento, ha la sola sofferenza di un flusso, assai considerevole, di sangue, causato dalle emorroidi.
Non smetto di fargli presente quanto sia essenziale, sotto tutti gli aspetti, che moderi il suo zelo e di fare un fuoco che duri ; spesso, però, parlo nel deserto.
Lettera di Fortuné de Mazenod al padre di Eugenio, 30 gennaio 1818,
OMI General Archives F.B. V, 1-7
 Due settimane dopo, Fortuné scrive che Eugenio era stato ammalato ma ora:
Eugenio va sempre meglio, ieri e oggi ha potuto dire la santa messa e comincia a riprendere le sue forze, sfinite dal lavoro e dal digiuno… Lo abbiamo in pugno, alla fine, e bisognerà proprio che obbedisca
Lettera di Fortuné de Mazenod al padre di Eugenio, 17 febbraio 1818,
OMI General Archives F.B. V, 1-7
e il giorno successivo:
Eugenio non ha più avuto nulla e continuare ad andare meglio, mettendo dei limiti al suo zelo e mangiando e dormendo di più. Sento che questo lo preoccupa un po’ e va contro le sue idee sulla pietà . Bisogna, però, che metta ogni cosa a suo posto e che non voglia essere saggio oltre misura, come dice san Paolo. Altrimenti, prima dei 40 anni, diventerà inutile per la Chiesa e sarà buono solo per occupare un letto dagli incurabili..
Lettera di Fortuné de Mazenod al padre di Eugenio, 18 febbraio 1818,
OMI General Archives F.B. V, 1-7
due settimane dopo:
Eugenio non ha avuto gli orecchioni, come si credeva ; è solo un gonfiamento al collo occasionato dalla contrattura dei nervi la cui tensione si fa sentire abbastanza forte anche ai piedi e gli impedisce di camminare. Da qualche giorno è’ molto diminuita e il suo stato fisico ne è migliorato sensibilmente. Niente indigestioni, niente insonnia, più quaresima ; in una parola, sta meglio ed è d’accordo sulle imprudenze che ha fatto. Abbiamo avuto non poche difficoltà a fargli capire di cibarsi di più, di dormire e riposarsi, ma, alla fine, con la grazia di Dio, ci siamo riusciti. .
Lettera di Fortuné de Mazenod al padre di Eugenio, 1 marzo 1818,
OMI General Archives F.B. V, 1-77
 Ecco invece la versione personale di Eugenio sulla situazione:
Ho cercato seriamente i mezzi di sottrarmi alle premure troppo sollecite che la carità ispira a molte persone, forse timorose ch’io torni ad ammalarmi: mi sono urtato che si fosse fatto tanto chiasso intorno a me …
Note di ritiro, maggio 1818, E.O. XIV n. 145