I conflitti con alcuni dei preti di Aix iniziarono nel 1816, quando i Missionari di Provenza si stabilirono e aprirono la loro chiesa al culto pubblico. Come chiesa appartenente a una comunità era fuori i confini della parrocchia e il clero locale non aveva controllo su di essa. È facile capire come una comunità di preti giovani, pieni di zelo del loro fondatore, iniziasse ad attirare gente nella Chiesa della Missione. La messa quotidiana, le preghiere del mattino, quelle della sera e i sermoni educativi, le confessioni regolari, i ritiri in preparazione alle feste principali, i centri delle Associazioni del Sacro Cuore, un ministero giovane e di successo erano gli ingredienti che attraevano. È anche facile da capire come i parroci delle parrocchie confinanti fossero scontenti di vedere i membri del proprio gregge andare altrove. L’opposizione era inevitabile.
 Bisogna combattere l’inferno e bisogna difendersi dalla gelosia e dalle passioncelle che agitano alcuni sacerdoti purtroppo da compiangere, se l’opinione pubblica ha fatto di essi giustizia in maniera piuttosto umiliante.
Lettera a Forbin Janson, luglio-agosto 1816, O.W. VI n. 13
Di contro, la fiducia di Eugenio, di credere che quel che fa è volontà di Dio ed è Dio a lavorare attraverso lui, gli dà il coraggio di continuare a fare il bene con la coscienza pulita.
tanto è difficile staccarmi da qui dove la mia presenza mi sembra ancora necessaria: stentereste a credere che, pur non avendo di mira che il bene, direi di più operando realmente del bene con la grazia di Dio, devo tuttavia, lottare continuamente contro una persecuzione ostinata da parte di un certo numero di sacerdoti i cui sforzi fortunatamente sono resi vani, nella situazione in cui il Signore mi ha posto:
io faccio finta di ignorare le loro sorde manovre e a dirla schietta mi difendo con un comportamento educato e il proseguimento di tutto quello che il Signore vuole ch’io faccia, nonostante la loro opposizione. Credo che i santi al posto mio avrebbero agito allo stesso modo e la mia sola ambizione è cercare di assomigliare ad essi: compio le loro opere, mentre mi preoccupo di acquisire una parte delle loro virtù.
Abbiamo creduto di riconoscere che Dio ci protegge dalle benedizioni copiosissime che effonde su quanto noi intraprendiamo per la sua gloria. Questo ci ricompensa ben al di là di tutti i dispiaceri che falsi profeti vorrebbero procurarci, senza dar l’impressione che ne restiamo turbati.Â
Lettera a M. Duclaux, 21 aprile 1817, O.W. VI n. 5